Гм...
Гарик, ну если вам ещё простительно (как начинающему) этого не знать, то Дэвид меня несколько удивил, т.к. на самом деле задача вовсе несложная, какой может показаться сначала.
Хотя, бывают случаи, что и достаточно опытные программеры "проваливаются" на совсем простых вещах, ведь абсолютно все знать невозможно.

Для работы с визуальными объектами в NB-плагинах совершенно недостаточно того кода, который имеется в примерах SDK. Примеры показывают только базовый принцип, и в них заложена целая куча "недоработок", которые, так или иначе, вылезают в виде глюков, что мы и видим во множестве чужих плагинов.
То, что работает в каком-нибудь простом тестовом экзешнике Delphi, может совершенно иначе работать (или вообще не работать) в плагине, т.к. ЕХЕ и DLL - разные вещи.
Кроме того, для создания визуальных объектов в плагине (и не только визуальных), потребуется освоить (и капитально) ремесло написания собственных компонентов и, соответственно, динамического создания/уничтожения объектов.
Эту науку не освоить за один два-вечера, да и без знания теории тут и шагу не ступить будет, а на чужом коде далеко не уехать.
То, что я показал, сделано на базе моего собственного компонента, написанного специально для работы в NB-плагинах, и я не намерен, по вполне понятным причинам, демонстрировать его код, к тому же, без демонстрации и толкования его работы в плагине голый код ничего не даст.

Delphi это такая штука, где почти всегда одну и ту же задачу можно решить далеко не одним способом, и вполне возможно, что найдутся более рациональные решения, нежели чем мое.

Как любит говорить Алекс, не нужно стремиться сразу создать "ядрену бомбу", а надо двигаться маленькими последовательными шагами вперед, от простого к сложному.

Ну с коректной перерисовкой компонента в главном окне я вопрос решил с помощью
двойной буфферизации, а вот с CustomWindow -
Надо думать.